Seit dem Beginn der Arbeiten an seiner Habilitationsschrift "Justiz-Strafrecht und polizeiliche Verbrechensbekämpfung im Dritten Reich" (De Gruyter, 1989) befasst sich Gerhard Werle in seiner Forschung schwerpunktmäßig mit dem Thema "Systemunrecht". Er ist Verfasser des ersten deutschsprachigen Lehrbuchs zum Völkerstrafrecht (Mohr Siebeck, 2003, 2007, 2012, 2016 und 2020), das inzwischen in englischen (2005, 2009, 2014 und 2020), spanischen (2005, 2011 und 2017), italienischen (2009), chinesischen (2009 und 2017) und russischen (2011) Ausgaben erschienen ist. Darüber hinaus hat sich Gerhard Werle mit der strafrechtlichen Aufarbeitung von NS-Unrecht und von DDR-Unrecht sowie mit dem Transitionsprozess in Südafrika befasst.

Gerhard Werle ist seit 2009 Honorarprofessor an der North-West University of Political Science and Law, Xi'an/China. Er war von 2005 bis 2018 Außerordentlicher Professor an der University of the Western Cape, Kapstadt/Südafrika. Darüber hinaus hat er zahlreiche Gastprofessuren wahrgenommen, u.a. an der University of Cape Town, der Kansai University Osaka, Osaka/Japan, der University of Sydney, Sydney/Australien, der University of Technology Sydney, Sydney/Australien sowie der Columbia Law School New York, New York/USA. Von 2008 bis 2019 war er Dekan für internationale Angelegenheiten der Juristischen Fakultät der Humboldt-Universität zu Berlin sowie geschäftsführender Direktor des Franz-von-Liszt-Instituts für Internationales Strafrecht.
 

• Völkerstrafrecht,
• Transitional Justice,
• NS-Unrecht,
• DDR-Unrecht,
• Bewältigung der Apartheid-Vergangenheit in Südafrika