Gemeinsam mit Prof. Klaus Marxen (Humboldt-Universität zu Berlin) hat Prof. Werle das Forschungsprojekt "Strafjustiz und DDR-Vergangenheit" betreut. Seit 1996 wurden im Rahmen des durch die VolkswagenStiftung und die Stiftung Aufarbeitung geförderten Projektes sämtliche Strafprozesse, die Taten mit Bezug zum DDR-Regime zum Gegenstand hatten, ausgewertet. Das Projekt hat neben mehreren Dissertationen eine siebenbändige Dokumentationsreihe hervorgebracht, die ergänzt wird durch einen Bilanzband (Marxen/Werle, Die strafrechtliche Aufarbeitung von DDR-Unrecht - Eine Bilanz) sowie eine Broschüre mit statistischen Daten (Marxen/Werle/Schäfter, Die Strafverfolgung von DDR-Unrecht - Fakten und Zahlen).